Trong mối quan hệ giữa người lao động và người sử dụng lao động, tổ chức CĐ phải cân đối lợi ích của các bên trong đối thoại, đàm phán thương lượng, giải quyết tranh chấp lợi ích của các bên trong đối thoại để đưa ra những điều khoản hợp tình hợp lý, khả thi và đúng pháp luật. Đó là cách bảo vệ quyền lợi người lao động đúng đắn và hiệu quả.

Để thực hiện nhiệm vụ này, CĐ tham gia, thương lượng, ký kết và giám sát việc thực hiện thỏa ước lao động tập thể (TƯLĐTT), thang lương, bảng lương, định mức lao động, quy chế trả lương, quy chế thưởng, nội quy lao động, quy chế dân chủ ở doanh nghiệp (DN), cơ quan, tổ chức; tham gia, hỗ trợ giải quyết tranh chấp lao động; đối thoại, hợp tác với người sử dụng lao động xây dựng quan hệ lao động hài hoà, ổn định, tiến bộ tại DN, cơ quan, tổ chức. Quyền là những điều mà NLĐ được hưởng theo quy định của pháp luật về lao động, TƯLĐTT, nội quy lao động, quy chế và thoả thuận hợp pháp khác đã được đăng ký với cơ quan quản lý nhà nước về lao động. Lợi ích là những điều mà NLĐ yêu cầu xác lập các điều kiện lao động mới so với quy định của pháp luật về lao động, TƯLĐTT, nội quy lao động hoặc các quy chế, thoả thuận hợp pháp khác trong quá trình thương lượng giữa tập thể lao động với người sử dụng lao động.

Tổ chức CĐ bảo vệ quyền và lợi ích chính đáng cho đoàn viên và NLĐ trong thực tế có thể xảy ra 3 mức độ chính như sau: Một là thái quá, đòi hỏi quá đáng so với thực tế có thể khả thi; hai là phản ứng yếu ớt hoặc không dám có ý kiến khi bị xâm phạm; ba là có tình có lý, cân đối được lợi ích hài hòa giữa NLĐ, nhà đầu tư, DN và Nhà nước. DN là nơi NLĐ bán sức lao động của mình để lấy tiền trang trải cho cuộc sống bản thân và gia đình. Thị trường lao động trong cơ chế thị trường rất sôi động và cạnh tranh khốc liệt, luôn có một tỉ lệ thất nghiệp nào đó. Việc có một chỗ làm việc là không phải dễ và do vậy NLĐ nên trân trọng vị trí lao động của mình tại đơn vị, DN.

Kỹ năng lao động tại một vị trí lao động không phải ai cũng có được ngay trong môi trường kinh tế thị trường cạnh tranh trong nước và quan hệ kinh tế quốc tế cũng như tại thị trường lao động trong nước và quốc tế. Vì vậy những người sử dụng lao động có kinh nghiệm biết giữ chân NLĐ bằng những lợi ích khuyến khích và tôn trọng NLĐ. Tất nhiên có nội quy lao động để bảo đảm tính tổ chức kỷ luật và an toàn trong hoạt động DN. Nhà đầu tư dĩ nhiên luôn muốn đơn vị, DN có lãi để có thu nhập theo phần vốn mình góp, còn Nhà nước phải thu được thuế và quản lý đơn vị DN, bảo vệ môi trường sinh thái, an ninh quốc phòng, an toàn chính trị xã hội.

Trong mối quan hệ đó, tổ chức CĐ phải cân đối lợi ích của các bên trong đối thoại, đàm phán thương lượng, giải quyết tranh chấp lợi ích của các bên trong đối thoại để đưa ra những điều khoản hợp tình hợp lý, khả thi và đúng pháp luật. Điều này đòi hỏi tổ chức CĐ và cán bộ CĐ am hiểu pháp luật liên quan đến lao động và hoạt động của DN, biết phân tích, vận động, thương lượng, đàm phán, đối thoại, thuyết phục; biết cương quyết khi đấu tranh bảo vệ quyền hợp pháp hoặc nhượng bộ trong đàm phán khi cần thiết. Tổ chức CĐ dù có nhiều cán bộ CĐ có năng lực như vậy nhưng cũng còn thiếu nhiều cán bộ CĐ có trình độ cần thiết theo yêu cầu của hoạt động CĐ.